Події в D.Gray-man розгортаються в альтернативній Європі XIX століття і розповідають про Тисячолітнього Графа, що планує знищити світ, за допомогою власноруч створених демонів - людиноподібних істот, які представляють собою знаряддя, що з’єднує в собі душу померлої людини та механічне тіло; і екзорцистів, які звільняють душі померлих людей шляхом знищення демонів. Екзорцисти числяться в організації Чорний Орден, яка існує понад 100 років та шукає серце «Чистої сили».
Аллен успішно втік при переміщенні. Але притяг з собою в Ковчег гостя.
Закриваю очі. Бачу чужі душі. В мене питали люди, чи страшно, коли дивляться в саму душу ті безбарвні очі. Я не знала відповіді, тільки невдоволено згадувала минулі помилки, а потім сідала за стіл та писала листи.
З давніх-давен у людей велося все так: що ти не можеш пояснити тому і вигадуй назви, а що розумієш, то назви давно є. Так велося не тільки в людей, але й не підвладних людським розумам. Все б нічого, якби не існували правила, які треба виконувати.
Екзорцист Канда Ю повертається з місії та йде шукати свого партнера з невеличкою претензією.